在杭州公司存在稅務問題的情況下，仍然可以進行公司注銷，但需要注意以下幾點：

1. 解決稅務問題：在進行注銷前，必須解決公司存在的稅務問題。如果有稅款欠繳或稅務違法行為，需要及時與稅務部門溝通協商，繳清稅款并履行相關法律責任。

2. 完善注銷手續：在注銷公司時，需要提交完整的注銷申請材料，包括稅務部門出具的稅務清算證明。稅務部門會對公司的稅務情況進行審核，并出具相應證明。

3. 遵守法律規定：注銷公司時，必須遵守相關法律法規，如按程序進行公告、清理債務、辦理清算等。未經稅務部門審核同意的情況下擅自注銷公司可能會導致法律糾紛。

因此，在注銷公司前，應先解決稅務問題，并按照規定程序辦理注銷手續，確保合法、規范地結束公司運營。如有困難，建議咨詢專業律師或稅務師進行指導和協助。